L’Agenzia Entrate (videoconferenza del 5 febbraio 2026) ha fornito chiarimenti determinanti su un tema che, negli ultimi mesi, ha generato incertezze interpretative tra i consulenti e le imprese: la validità della certificazione delle attività di ricerca e sviluppo a fronte di controlli fiscali già avviati.

Al centro della questione, nello specifico, c’è il rapporto cronologico tra la presentazione dell’istanza e la notifica degli atti istruttori.

Il valore della certezza nel panorama dei crediti d’imposta

Il sistema della certificazione R&S è nato con l’obiettivo di offrire alle imprese uno scudo di certezza giuridica. Attraverso questo strumento, introdotto originariamente dal decreto Semplificazioni (DL 73/2022), i contribuenti possono richiedere un parere vincolante sulla qualificazione degli investimenti effettuati. Tale attestazione non riguarda solo i progetti futuri o in corso, ma si estende, con un meccanismo retroattivo di grande rilevanza, anche alle attività svolte nel quinquennio 2015-2019.

La procedura prevede che l’impresa si rivolga al Ministero delle Imprese e del made in Italy (MIMIT), il quale opera secondo un meccanismo di silenzio-assenso; una volta presentata la domanda, l’Amministrazione ha finestre temporali precise per richiedere integrazioni o effettuare controlli. Se il termine decade senza obiezioni, la qualificazione dell’attività diventa definitiva e vincolante per l’Amministrazione finanziaria; ciò significa che eventuali atti impositivi o sanzionatori che contraddicano quanto certificato sono da considerarsi nulli.

Il conflitto tra controlli e istanze di certificazione

Il punto critico emerge quando l’Amministrazione finanziaria avvia un’attività di verifica prima che la procedura di certificazione si sia conclusa.

La normativa stabilisce chiaramente che la certificazione non può essere richiesta se le violazioni relative ai crediti d’imposta sono già state constatate tramite un processo verbale di constatazione (PVC). Tuttavia, la prassi accertativa moderna si è evoluta verso forme di controllo cosiddette “a tavolino”, che spesso non culminano in un PVC ma nella notifica di uno schema d’atto, come previsto dall’articolo 6-bis dello Statuto del Contribuente.

Proprio su questo aspetto si era concentrato il dibattito: lo schema d’atto, pur essendo un atto interlocutorio finalizzato al contraddittorio preventivo, può essere equiparato al PVC nell’inibire gli effetti della certificazione?

La risposta fornita dall’Agenzia Entrate durante la videoconferenza del 5 febbraio 2026 scioglie i dubbi, confermando una lettura che privilegia la data di avvio dell’iter amministrativo presso il Ministero.

La data di presentazione come spartiacque fondamentale

Secondo quanto precisato dai vertici dell’Agenzia, ciò che determina l’efficacia della certificazione R&S è il momento in cui l’istanza viene trasmessa al MIMIT. Se la richiesta viene presentata prima che al contribuente sia notificato lo schema d’atto (o il PVC), la certificazione mantiene la sua capacità di spiegare effetti vincolanti nei confronti del Fisco. Questo vale anche nel caso in cui il silenzio-assenso si perfezioni cronologicamente dopo la ricezione della contestazione.

Questa interpretazione ha un duplice effetto:

• da un lato, riconosce allo schema d’atto una forza inibitoria simile a quella del PVC per le domande presentate successivamente;
• dall’altro, protegge il contribuente che ha agito tempestivamente. In sostanza, l’Agenzia ha chiarito che il tempo necessario all’Amministrazione per processare la domanda non deve andare a detrimento dell’impresa, purché la “buona fede” dell’istanza sia dimostrata dalla sua antecedenza rispetto all’atto di controllo.

 

La posizione espressa dall’Agenzia sottolinea l’importanza di una gestione proattiva delle agevolazioni fiscali.

Non è più sufficiente attendere l’eventuale controllo per difendere la legittimità dei crediti maturati: la tempestività nella richiesta della certificazione R&S diventa un elemento di difesa strategica. La protezione offerta dal silenzio-assenso è solida, ma richiede una pianificazione attenta delle scadenze e una documentazione tecnica impeccabile.

Va inoltre considerato che la stessa logica dovrebbe applicarsi anche ai casi in cui venga notificato un atto di recupero non anticipato da altre comunicazioni. Anche in questa ipotesi, la domanda di certificazione antecedente fungerebbe da barriera protettiva contro pretese fiscali basate su una diversa qualificazione tecnica delle attività di ricerca.

In conclusione, sebbene il chiarimento dell’Agenzia offra una boccata d’ossigeno e una linea guida operativa più chiara, la materia rimane complessa e densa di insidie procedurali. La distinzione tra attività di ricerca e sviluppo ammissibili e semplici innovazioni di processo è sottile, e il rischio di contestazioni per crediti “inesistenti” o “non spettanti” rimane elevato per chi non segue correttamente i binari normativi.