Il provvedimento del Direttore dell'Agenzia delle entrate n. 89757 del 30 aprile 2018 ha stabilito che "la fattura elettronica o le fatture del lotto scartate dal SdI si considerano non emesse". Con il principio di diritto n. 23 dell'11 novembre 2019 l'Agenzia delle Entrate fornisce chiarimenti in merito alle sanzioni applicabili in caso di mancata emissione della fattura nei termini di legge.

Il documento precisa inizialmente che tale violazione, cui va equiparata la tardività dell'adempimento, comporta l'applicazione delle sanzioni di cui all'articolo 6 del d.lgs. n. 471 del 1997, quindi, per ciascuna violazione:

• fra il 90 ed il 180% dell'imposta relativa all'imponibile non correttamente documentato» con un minimo di 500 euro;
• da euro 250 a euro 2.000 quando la violazione non ha inciso sulla corretta liquidazione del tributo.

Viene inoltre precisato che gli istituti del concorso di violazioni e continuazione e del ravvedimento operoso non sono cumulabili, ma alternativi tra loro.

In riferimento al primo periodo di applicazione dell'obbligo di fatturazione elettronica tramite SdI (primo semestre del 2019) il legislatore ha poi statuito che le sanzioni previste dall'art. 1, comma 6, del d.lgs. n. 127 del 2015:

• non trovano applicazione qualora la fattura elettronica sia regolarmente emessa entro il termine di effettuazione della liquidazione periodica dell'IVA relativa all'operazione documentata;
• sono ridotte dell'80%, se la fattura elettronica è emessa entro il termine di effettuazione della liquidazione IVA del periodo successivo, riduzione che si applica sino al 30 settembre 2019 per i soli contribuenti che effettuano la liquidazione periodica dell'imposta con cadenza mensile (si veda la circolare n. 14/E del 17 giugno 2019).